Al término del gobierno de Enrique Alfaro, el Estado de Jalisco enfrenta una de las crisis de derechos humanos más graves en su historia: el registro oficial de personas desaparecidas ha aumentado de 7,117 al inicio de su mandato en 2018, a un alarmante 15,372 al cierre de su gestión, lo que representa un aumento de más del 100%.
Esta crisis ha sido el resultado de diversos factores, entre ellos la violencia del crimen organizado, la falta de una estrategia efectiva de búsqueda y localización, así como la limitada acción de las autoridades en la resolución de estos casos. Organizaciones civiles y colectivos de familiares de desaparecidos han denunciado la inacción y el rezago en las investigaciones, que han generado una creciente desconfianza en las instituciones de seguridad y justicia del estado.
A pesar de los esfuerzos en los últimos años para dar respuesta a esta grave problemática, la desaparición forzada sigue siendo una de las principales preocupaciones en Jalisco. La nueva administración estatal heredará una situación crítica que exigirá una política de seguridad y derechos humanos con un enfoque mucho más efectivo y humanitario para atender la creciente crisis de desapariciones.